Jedná se o systém, jehož správcem je orgán veřejné moci a které mají zásadní význam pro fungování veřejné správy. V tomto případě není použito rozdělení na informační a komunikační systém, neboť z definice plyne, že do pojmu informačního systému spadá vždy i jeho vnitřní komunikační složka.

Významným informačním systémem podle zákonné definice může být i systém, který neodpovídá definici obsažené v § 3 zákona č. 365/2000 Sb., o informačních systémech veřejné správy a o změně některých dalších zákonů, ve znění pozdějších předpisů, jehož správcem je orgán veřejné moci a jehož důležitost odůvodnila jeho zařazení mezi významné informační systémy.